1900-1945
Das Rektoratsarchiv, das Archiv der akademischen Administration und die Archive der Fakultäten wurden bis weit ins 20. Jahrhundert hinein als reine Geschäftsregistraturen betrachtet und auch entsprechend behandelt. Dies änderte sich erst 1931, als der akademische Senat beschloss, das Archiv (gemeint war das Konziliararchiv) dem Ordinarius für mittlere und neuere Geschichte, Prof. Adolf Hofmeister, zu unterstellen.
Durch Hofmeisters Tätigkeit vollzog sich nun langsam der Umbau des Archivs von einer Geschäftsregistratur zur wissenschaftlichen Forschungseinrichtung, die ihre Tätigkeit auf das 500-jährige Universitätsjubiläum 1956 auszurichten begann. Hofmeister regte zudem die Vereinigung von Konziliar- und Fakultätsarchiven und ihre zweckmäßige Unterbringung an. Archivische Ordnungs- und Verzeichnungsarbeiten wurden indessen nicht in Angriff genommen.
Die Ansätze zu einem strukturellen Umbau des Archivs wurden durch den Zweiten Weltkrieg zunichte gemacht. 1943 und 1945 wurden über 2.500 Akten des Archivs vor drohenden Luftangriffen der Alliierten in Gebiete östlich der Oder und nach Westdeutschland ausgelagert. Damit war die Einheit des historischen Gesamtbestandes auf unabsehbare Zeit zerstört, das Archivgut der fachlichen Aufsicht und der wissenschaftlichen Nutzung entzogen und in den weit entfernten Auslagerungsdepots einem ungewissen Schicksal überlassen.
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