Die Gründung des Gartens geht auf das Jahr 1763 zurück. Damals wurde er zwischen Collegien­gebäude (heute Universitäts­haupt­gebäude) und Stadt­mauer von dem Magister Samuel Gustav Wilcke als "hortus medicus" (Arznei­pflanzen­garten) angelegt. Der Pflanzen­bestand hatte allerdings keines­falls nur medi­zinischen Charakter, deshalb erhielt er bereits ein Jahr später die Bezeichnung "hortus academicus" - entsprechend der zunehmenden Be­deu­tung der Botanik als eigen­ständiger Wissen­schaft.

Durch die in der zweiten Hälfte des 19. Jahr­hunderts ein­setzende Bau­tätig­keit an diesem Stand­ort wurde der Garten in seiner Funktion­stüchtigkeit ein­geengt und unter Prof. Julius Münter Pläne voran­getrieben, den Garten zu verlagern. 1886 konnte so auf einer 2 Hektar großen Fläche zwischen Soldmann- und Grimmer Straße eine neue Garten­anlage mit Gewächs­hauskomplex - im wesentlichen bestehend aus Palmen-, Kalt- und Warmhaus - fertig­gestellt werden. Diese Häuser bilden auch heute nach über 100 Jahren Nutzung den Kern für die 16 Gewächs­häuser mit 1400 qm erweiterter Glas­fläche, von der über die Hälfte den Besuchern zu­gäng­lich ist.