Werner Weitschies wurde 1961 in Leutkirch im Allgäu geboren. Nach dem Studium der Pharmazie in Berlin und Promotion bei Rüdiger Gröning (Thema: Entwicklung sonographisch detektierbarer Modellarzneiformen) arbeitete er von 1990-1993 bei der Schering AG als Wissenschaftlicher Arbeitsgruppenleiter in der Abteilung Forschung Kontrastmittel für Ultraschall und von 1994-1995 als Leiter des Laboratoriums Wirkstoffindung Kontrastmittel für Ultraschall. Von 1996-1998 war er als Leiter des Projektes Magnetrelaxometrie am Institut für Diagnostikforschung an der Freien Universität Berlin tätig. Er habilitierte sich an der Universität Münster im Fach Pharmazeutische Technologie (Thema: Pharmazeutisch-technologische Entwicklung von Substanzen und Meßverfahren zur Detektion biologischer Bindungsreaktionen sowie zur Untersuchung der Gastrointestinalpassage von Arzneiformen). 1998 folgte er einem Ruf nach Greifswald als Professor für Pharmazeutische Technologie. Seit 2004 ist er C4-Professor für Biopharmazie.

Sein Hauptinteresse gilt der Untersuchung des Verhaltens von Arzneiformen im Gastrointestinaltrakt sowie der Entwicklung von Nanopartikel-basierten Technologien zur molekularen Bildgebung und für physikalische Therapiekonzepte.