Elektronenmikroskope sind Störstrahler und unterliegen der Röntgenverordnung. Störstrahler sind nach der Röntgenverordnung Geräte oder Vorrichtungen, in denen ausschließlich Elektronen beschleunigt werden und die Röntgenstrahlung (durch Auftreffen der Elektronen auf Blendensystemen und Proben) erzeugen, ohne dass sie zu diesem Zweck betrieben werden. Als Störstrahler gelten auch Elektronenmikroskope, bei denen die erzeugte Röntgenstrahlung durch Detektoren ausgewertet wird.

Es wird hierbei nach genehmigungsfreiem und genehmigungspflichtigem Betrieb von Elektronenmikroskopen unterschieden.

Als genehmigungsfrei gelten Geräte bei denen die Spannung zur Beschleunigung der Elektronen 30 Kilovolt nicht überschreitet sowie Geräte mit einer Bauartzulassung nach der Röntgenverordnung. Ein Zulassungsschein muss dazu vorliegen. Zusätzlich muss ausreichend darauf hingewiesen werden, dass bei diesem Gerät Röntgenstrahlen erzeugt werden.

Ist die Spannung zur Beschleunigung größer als 30 Kilovolt oder gibt es für Geräte keine Bauartzulassung, sind diese genehmigungspflichtig. Um eine Genehmigung von der zuständigen Stelle erhalten zu können, muss dann vorab mindestens ein Strahlenschutzbeauftragter bestellt werden. Außerdem muss das Elektronenmikroskop vor Inbetriebnahme von einem Sachverständigen geprüft und freigegeben werden.

Eine wiederholendene Prüfung (5 Jahresrhythmus bei allen anderen Röntgeneinrichtungen) durch einen Sachverständigen bedarf es für genehmigungsfreie und genehmigungspflichte Störstrahler nicht, solange keine wesentlichen Änderungen durchgeführt werden.