Die Universität Greifswald konzentriert sich in der Forschung auf fünf Schwerpunktbereiche. Diese sind international bekannt und die Greifswalder Forschungsteams gut vernetzt.

Im Mittelpunkt des Forschungsschwerpunktes Mikrobielle Proteomics und Proteintechnologien stehen die Aufklärung der molekularen Ursachen von bakteriellen und viralen Infektionskrankheiten, industriell bedeutende Bakterien und Enzyme für die Biotechnologie und die molekulare Umweltmikrobiologie. Der Schwerpunkt Plasmaphysik hat in Greifswald eine lange Tradition. Zusammen mit Partnern, wie dem Max-Planck-Institut für Plasmaphysik (IPP) sowie dem Leibniz-Institut für Plasmaforschung und Technologie (INP) e. V. kann ein Zentrum der Plasmaphysik entstehen, das Hochtemperatur-, Niedertemperatur- und Astro-Plasmaphysik in Lehre und Forschung umfassend abbildet.

Community Medicine und Individualisierte Medizin befassen sich mit bevölkerungsbezogenen Gesundheitsforschung und Analyseverfahren, die Aufschluss über individuelle Unterschiede bei der Entstehung und Behandlung von medizinisch und gesundheitspolitisch bedeutsamen Krankheiten geben können. Die Lage Greifswalds und die historischen Beziehungen prädestinieren den Standort für eine transnationale und interdisziplinär ausgerichtete Erforschung des Ostseeraums. Der Forschungsschwerpunkt heißt Kulturen des Ostseeraums. Der jüngste Forschungsbereich, Environmental Change: Responses and Adaptation, verbinden Natur- und Geisteswissenschaften im Bereich der ökologischen Umweltforschung.

Ein Zentrum für Forschungsförderung und Transfer (ZFF) unterstützt und begleitet die Wissenschaftler der Universität bei der Einwerbung von Forschungsprojekten.